霉菌性食管炎在临床上也比较为常见，主要为白色念珠菌感染引起，有时与其他霉菌合并致病。霉菌存在于正常人体内，在人体内生态平衡紊乱，可成为致病菌。常见病因有：①长期应用大剂量抗生素，服用抑制胃酸分泌的药物等，均促使霉菌过度生长，增加感染霉菌的危险性；②食管黏膜遭受损伤或受酸的刺激，如放射治疗，抗癌药物等，破坏了黏膜屏障，易于霉菌感染；③机体免疫功能遭受损害时，如大剂量激素治疗恶性肿瘤、肾上腺皮质功能不全、糖尿病、妊娠、溃疡性结肠炎、肾功能不全等均增加食管对霉菌的易感性。在肿瘤病人化疗过程中，霉菌感染率为5％，其中白血病和淋巴瘤更为多见；④心外科、肾移植的预防性应用抗生素，致术后发生食管感染霉菌，甚而有致死者；⑤获得性免疫缺陷症并发食管霉菌感染者甚多。 应引起注意的是食管癌与霉菌感染常是相互作用合并存在，可能霉菌侵犯食管后，局部炎症刺激上皮增生，对各种致癌物易感性增高，而且霉菌本身的代谢产物直接作用于邻近上皮，使细胞发生分裂，分化异常而致癌变。在食管内镜时，发现早期癌组织内霉菌感染率为15％，而在癌旁增生上皮中，霉菌侵犯率高达50%。
霉菌性食管炎早期可能为急性感染，亦可能为亚急性或慢性者，症状主要为吞咽疼痛及困难等。须借助内镜检查确诊，以除外肿瘤、疱疹性食管炎及反流性食管炎等。
主要是药物治疗，应用克霉唑、5一氟胞嘧啶、曲左霉素等，疗效较好。但在应用大剂量抗生素同时继发霉菌感染，则效果不佳。