自主招生选拔的主要是有学科特长、有创新潜质的优秀人才，而高校专项计划是为了促进教育的公布，让更多的农村考生上大学而出台的优惠政策，招生对象主要是边远山区、民族等地的高中生，这些高中生都是勤奋学习并且成绩都很好的农村学生。
区别
自主招生
自主招生和高校专项计划都是高考改革的措施，自主招生也叫自主选报考生，顾名思义，是高校按照一定的程序自己给自己选拔人才，现在是高校组织确定初选名单，然后参加高考，根据考生高考情况择优录取。全国有90所一流大学（985/211/双一流）拥有自主招生资格，学生通过自招考核，可以拿到心仪大学10-60分不等的降分录取优惠，也可以理解成在高考的成绩上获得额外的加分。
自主招生一般在2月份下发招生简章提出报考条件和材料要求，3月份提交审核材料，4月底，公示初审名单，6月参加高考，6月10日左右参加高校组织的测试，高考出分前确定并公示资格名单，高考出分后考生单独填报志愿录取。
高校专项计划
高校专项计划是针对贫困地区农村户口考生，由高校在本年度计划中拿出部分计划，用来专门录取贫困地区的考生，也就是这些考生单独排队，高校择优录取，这个也是高校要审核，要提交资料。
在每年3月下旬，有关高校公布招生简章。4月中旬，考生完成报名申请。4月底前省市完成考生基本条件审核并公示通过审核名单。5月底前高校完成考生其他条件审核并公示通过审核名单。6月7日-8日，考生参加全国统一高考。高考出分前，高校确定并公示资格名单。高考出分后，考生单独填报志愿，高校完成录取并公示。
最新政策
强基计划
2020年起，高校自主招生停招！已经实施16年的高校自主招生全面停止，被“强基计划”取代。
所谓“强基计划”指的是选拔培养有志于服务国家重大战略需求且综合素质优秀或基础学科拔尖的学生。重点关注与国家重大战略相关的领域，比如高端芯片与软件、智能科技、国家安全等核心领域。至于学科方面也将向数学、物理、化学等相关专业倾斜。“强基计划”与以往的自主招生有些相似，但是也有很多不同。
强基计划按综合成绩录取
选拔基础学科拔尖学生是“强基计划”中首先强调的重点。突出基础学科的支撑引领作用，重点在数学、物理、化学、生物及历史、哲学、古文字学等相关专业招生。
强基计划招生程序
考生参加统一高考和高校考核后，高校将考生高考成绩、高校综合考核结果及综合素质评价情况等按比例合成考生综合成绩。值得注意，高考成绩所占比例不得低于85%。最终，根据考生填报志愿，按综合成绩由高到低顺序录取。
强基计划会为缺资源学生提供机会
有业界人士分析，相比自主招生，强基计划的招生学校数量及招生专业范围在减少，“更精准地针对国家当前最重视的基础学科”。强基计划给了那些成绩好的，但没有证书、没有资源的学生提供了机会。
高校“自主招生”转变为“强基计划”，其主要目的在于选拔真正一批有志向、有兴趣、有天赋的青年学生进行专门培养，同时，更要促进教育公平为原则；因此无论你有多优秀，都必须要参加高考，并且以高考成绩作为参与高校“强基计划”的基本依据和条件，同时完善制度机制，切实保障考试招生机会公平、程序公开、结果公正！