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染色体变异是单倍体育种的原理。单倍体育种是植物育种手段之一。即利用植物组织培养技术诱导产生单倍体植株，再通过某种手段使染色体组加倍，从而使植物恢复正常染色体数。
单倍体育种和多倍体育种的原理是都是染色体变异。
通过单倍体形成纯系的作物育种方法。一般是利用花药、花粉作外殖体进行组织培养，从小孢子经愈伤组织或胚状体产生植株，或以孤雌生殖、人工引变等方式产生具有配子体染色全数的植株(单倍体植株)，经染色体加倍后产生纯合二倍体，再经过田间育种试验，获得优良新品种。
单倍体育种可以缩短育种年限，提高选育效果。