太阳大气中充满着磁场，磁场结构越复杂，越容易储存更多的磁能。当储存在磁场中的磁能过多时，会通过太阳爆发活动释放能量，太阳耀斑即是太阳爆发活动的一种形式。
长期的观测发现，大多数耀斑都发生在黑子群的上空，且黑子群的结构和磁场极性越复杂，发生大耀斑的几率越高，当太阳黑子的磁场上存在另一个结构特殊的小规模磁场时，就会发生耀斑现象。平均而言，一个正常发展的黑子群几乎几小时就会产生一个耀斑，不过真正对地球有强烈影响的耀斑则很少
太阳耀斑爆发的原因：和地球的大气层一样，太阳大气层可以按照不同的高度和性质分成各个圈层。从内向外，依次是光球层、色球层和日冕层。太阳耀斑就发生在色球层上。
耀斑是在太阳的色球-日冕过渡层中发生的一种局部辐射突然增加的太阳活动。太阳上的等离子被加热至一千万度，电子、质子及一些重离子被加速到接近光速。这些离子发出的电磁波波段由电磁波谱上的长波微波至最短波长的γ射线。
大部分耀斑都出现在太阳活跃的区域如黑子附近，即是太阳表面磁场线露出日冕的部分。耀斑的能量主要来自于日冕突然释放的磁能。
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