由于目前缺乏特效的抗病毒药物，尖锐湿疣的治疗一般采用综合治疗。
（一）治疗诱因：（白带过多，包皮过长、淋病）。
（二）提高机体免疫力。
（三）应用抗病药物。
一般只要坚持规则的综合治疗可以达到临床痊愈，但复发几率95%以上。
1、手术疗法对于单发、面积小的湿疣，可手术切除；对巨大尖锐湿疣，可用Mohs氏手术切除，手术时用冷冻切片检查损害是否切除干净，单一手术复发几率很高。
2、冷冻疗法利用-196℃低温的液体氮，采用压冻法治疗尖锐湿疣，促进疣组织坏死脱落，本法适用于数量少，面积小的湿疣，可行2-3次治疗，间隔时间为一周，这种方法一般可以清除疣体，容易复发。
3、激光治疗通常用CO2激光，采用烧灼法治疗尖锐湿疣，本疗法最适用女阴、阴茎或肛周的湿疣。对单发或少量多发湿疣可行一次性治疗，对多发或面积大的湿疣可3-4次治疗，一般在复发周期20天-3个月。激光治疗，有较高的复发率。
4、电灼治疗采用高频电针或电刀切除湿疣。方法：局部麻醉，然后电灼，本疗法适应数量少，面积小的湿疣，这种方法只是清除疣体。
5、微波治疗采用微波手术治疗机，利多卡因局麻，将杆状辐射探头尖端插入尖锐湿直达疣体基底，当看到疣体变小、颜色变暗、由软变硬时，则热辐射凝固完成，即可抽出探头。凝固的病灶可以用镊子挟除。为防止复发，可对残存的基底部重复凝固一次。
6、β-射线治疗我们应用β-射线治疗尖锐湿疣取得了较为满意的效果，该方法疗效高，无痛苦、无损伤、副作用少，复发率在80%以上，在临床上有一定推广价值。
7、药物疗法
（1）抗病毒药
（2）腐蚀剂或消毒剂
（3）抗癌药
8. 免疫疗法
①干扰素诱导剂
②干扰素、白介Ⅱ，卡介素、疗效较佳，一般复发几率很高。