小麦孕穗期后，病菌进入幼穗的子房，繁殖出大量的菌丝，使籽粒的内容物成为国黑粉。影响腥黑穗病发生的轻重的因素，首先是菌量的大小，如种子上冬孢子量大，发病重；其次是小麦播种后的土壤分环境，冬麦迟播，幼苗出土缓慢有利于发病，因为病菌在土温9－12℃时，侵染率最高，那黑穗病的防治方法有哪些呢？适时播种和提高播种质量 播种过早、土壤干旱、整地质量差以及覆土过厚都会延长出苗时间，增加侵染机会，使病情加重。因此，一般应在保证成熟的情况下尽量晚播，播前墒情适宜，整地精细，覆土深度适宜，以保证早出苗、出壮苗，缩短幼芽被侵染时间，减轻病害发生，那么小麦黑穗病的发病条件是什么呢？
黑穗病是花器侵染病害，一年只侵染一次。带菌种子是病害传播的唯一途径。病菌以菌丝潜伏在种子胚内，外表不显症。当带菌种子萌发时，潜付的菌丝也开始萌发，随小麦生长发育经生长点向上发展，侵入穗原基。
孕穗时，菌丝体迅速发展，使麦穗变为黑粉。厚垣孢子随风落在扬花期的健穗上，落在湿润的柱头上萌发产生先菌丝，先菌丝产生4个细胞分别生出丝状结合管，异性结合后形成双核侵染丝侵入子房，在珠被未硬化前进入胚珠，潜伏其中，种子成熟时，菌丝胞膜略加厚，在其中休眠，当年不表现症状，次年发病，并侵入第二年的种子潜伏，完成侵染循环。刚产生厚垣孢子24小时后即能萌发，温度范围5—35℃，最适20—25℃。厚垣孢子在田间仅能存活几周，没有越冬(或越夏)的可能性。小麦扬花期空气湿度大，常阴雨天利于孢子萌发侵入，形居病种子多，翌年发病重。
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