凡真正的卵巢肿瘤，不论良、恶性都要做手术。这是因为卵巢肿瘤种类繁多，非常复杂，虽然现代已有种种诊断技术，有时还是难以区分究竟是良性或恶性，尤其是不易和早期的卵巢癌区别。即使肯定是良性的卵巢肿瘤，有的也会长到很大，产生扭转、破裂、感染等种种并发症。所以卵巢肿 瘤只要长到5～6厘米以上，就应该做手术。
不过做手术并非一概而论地把两个卵巢都切除了。年轻妇女长了良性囊肿，可以争取囊肿剥除手术，保留正常的卵巢组织。不适合剥除的良性囊肿，除非是老年妇女，也应该保留一个卵巢，以维持其生理功能；如果已经接近绝经年龄，即使是单侧的良性瘤子，也以切除双侧卵巢为好，以防以后另一侧卵巢又长出肿瘤。至于恶性肿瘤，手术就要广泛和彻底得多了。
由于肿瘤不同，手术范围就不一样，手术中就要仔细探查。除了检查肿瘤之外，常常需要剖开探查另一侧卵巢，并且了解整个盆腔、腹腔的情况，瘤子切下来，还要切开检视，必要时可作冰冻切片病理学检查。最后的确切诊断要依靠手术标本的病理学检查。
一种理想的外科手术，应当是在治疗疾病的同时，保持器官的正常功能，但在妇科肿瘤的领域中，当前能达到这一要求的并不很多。卵巢囊肿是常见的妇科良性肿瘤，由于卵巢是成对的器官，多年来广泛采取的手术方法，就是行患侧卵巢切除，如果囊肿是双侧的，就会切除双侧卵巢，甚至连同子宫一起切除。既然卵巢有肿瘤，那么将患病的卵巢切除似乎是天经地义的事情。但对于一位年轻的妇女，或还没有小孩的妇女，如果切除了双侧卵巢，仅不能生育，而且会长期遭受过早出现的绝经期症状的折磨；有的因单侧囊肿只切除了一侧附件，但以后另一侧附件又发生病变，如异位妊娠，卵巢囊肿等，而不得不切除剩下来的卵管及卵巢，也一样失去了生育甚至完全丧失卵巢功能。其实，很久以前，妇产科的先驱者，就已设计出了代替这种破坏性疗法的建设性手术，这就是卵巢囊肿剔除术。这种手术是将卵巢上生长的良性肿物从卵巢中剔 除，并将健康的卵巢组织保留下来。
卵巢肿瘤生长在卵巢组织中，在一定时期，囊肿挤压周围正常的卵巢组织。在二者之间能找到明确的分界层次，经过仔细分离，能够比较容易地将囊肿剥下。肿瘤剥下后，常常可剩下不少正常卵巢组织，将其重叠缝合后，外表很像一个正常的卵巢。保留的卵巢组织同样有正常的功能，照常产生激素，照常排卵。有时看来似乎只剩很少的卵巢组织，若手术精细，保留及维持其血液供应，对某些妇女来说仍能排卵及生育子女。当然在肿瘤过大，已无正常卵巢组织存在，或发生过感染等情况无法剔除时，就只好切除患侧卵巢了。
原则上凡是良性的卵巢肿瘤均可做剔除手术，但主要用于卵巢的瘤样病变，如滤泡囊肿、单纯性囊肿、巧克力囊肿、卵巢冠囊肿等。真正的卵巢肿瘤中，主要是皮样囊肿可卵巢囊肿的剔除以做囊肿剔除手术，不论是单侧的还是双侧的囊肿，都能够剔除而不切卵巢。囊肿剔除的唯一禁忌证就是恶性肿瘤。如在术中发现肿瘤为恶性，则不仅不能行剔除手术，还要根据肿瘤性质，病变期别以及患者的具体情况，扩大手术范围。