这款新苹果电脑使用的是A13仿生芯片和第三代神经引擎。虽然iPhone SE体积小巧，但与搭载第二代神经引擎的A12仿生芯片的iPhone XR相比，它拥有更强大的处理器。
话虽如此，据报道可能使用了A13仿生芯片的一种低频率变体。基准测试结果表明，尽管iPhone 11和iPhone SE拥有相同的处理器，但iPhone SE的性能略显不足。这些评分标准与2018年的iPhone XS或XR系列相同。“从安图图目前提供的数据来看，运行A13处理器的新iPhone SE目前的最高分为492166分。在分值方面，CPU分值为149295,GPU分值为186079,MEM分值为77968,UX分值为78824。新iPhone SE的得分略高于iPhone XS系列，远低于iPhone 11系列的基准得分。iPhone SE被定位为功能强大的小型智能手机。虽然iPhone XR和iPhone 11都提供了同样的6.1英寸液体视网膜高清显示屏，但iPhone SE则推出了更小的4.7英寸视网膜高清显示屏。iPhone SE还配备了一个LCD IPS面板，分辨率为1334×750像素，像素密度为326像素每英寸。苹果iPhone SE拥有与iPhone XR相同的后置摄像头:单镜头12MP广角摄像头。支持4K视频录制和OIS。后置摄像头的功能类似于iPhone XR。不过，前置摄像头略有不同。iPhone XR有一个真正的深度7MP前置摄像头，7MP摄像头，1080p高清视频录制，最高可达60fps。话虽如此，iPhone SE配备了FaceTime高清7MP前置摄像头，1080p高清视频录制能力可达30帧/秒。