平定三藩：所谓「三藩」，是指镇守云南的平西王大汉奸吴三桂，镇守福建的靖南王耿精忠和镇守广东的平南王尚可喜之子尚之信。自清初以来，他们各霸一方，形成几股割据势力。「三藩」都拥有大量武装。特别是大汉奸吴三桂，「功最高，兵最强」，积极储将帅，习武备，使「四方精兵猛将，多归其部下」。他们仗着自己日益壮大的力量，飞扬跋扈，不听约束，给清朝以巨大威胁。而且所耗军费很大。
1673年三月，以尚可喜请求归老辽东，但请求留其子之信继续镇守广东为引线，引发了是否撤藩的激烈争论。最终康熙帝认为「藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利」，决定下令「撤藩」。
十一月，大汉奸吴三桂在云南发动叛乱，并于次年派将率军进攻湖南，攻陷常德、长沙、岳州、澧州、衡州等地。他又派人四出散布檄文，煽诱鼓动。广西将军孙延龄、四川巡抚罗森等许多地方大员纷纷叛清。接着，福建耿精忠亦叛。在短短数月之内，滇、黔、湘、桂、闽、川六省陷落，一时局面相当严重。随后，陕西提督王辅臣、广东尚之信等也相继反叛，变乱扩大到广东、江西和陕西、甘肃等省。
叛乱消息传到北京后，年轻的康熙帝力排众议，对「三藩」之乱采取了坚决打击的措施。在康熙运筹帷幄的指挥下，1676年（康熙十五年）十月，福建耿精忠在清军进攻下，被迫投降。广东的尚之信也于1677年投降。闽、粤以及江西都先后平复。1678年八月，大汉奸吴三桂死，其部将迎立其孙吴世璠继位，退居云贵。此后，清军先后收复湖南、广西和四川。1681年，清军攻破昆明，吴世璠自杀。云贵悉平。
此次平叛的胜利，消除了地方割据势力，维护了国家的统一。
收复台湾：在三藩刚刚平定不久，割据台湾的郑氏家族发生内乱。起因是1662年郑成功病逝后，其子郑经立。1681年，郑经死后，其部将冯锡范等杀死了郑氏的继承人，改立郑经次子克塽继承延平王位。郑克塽年幼，成为冯锡范的傀儡。
康熙在此情况下，决心为了国家统一收复台湾。1681年七月，康熙下诏「以施琅为福建水师提督，与将军总督等统舟师进取澎湖、台湾」。
1683年，施琅率领战舰三百，精锐水师二万，进攻澎湖。经过七天激战，清军占领了澎湖。不久，郑克塽派人前来乞降，清军进驻台湾。
1684年，清政府在台湾设一府（台湾府）三县（台湾、凤山、诸罗），隶福建省，并在台湾设巡道一员，总兵官一员，副将二员，兵八千。在澎湖设副将一员，兵二千。在清朝中央政府的统一管理下，台湾与大陆的关系更加密切。
平定准噶尔叛乱：清初，西北方居住的蒙古族分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠北喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部。漠西厄鲁特蒙古内部又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。清军入关之前，漠南蒙古就已归附清朝，喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部，也与清政府关系密切。
厄鲁特蒙古的准噶尔部，从17世纪中叶以后逐渐强盛起来。特别到绰罗斯·噶尔丹为汗时期，势力更加强大。他不仅统治了厄鲁特四部，而且占领了天山南路各回城，势力达到青海、西藏地区。为了实现割据一方的野心，绰罗斯·噶尔丹与正在对外扩张的沙俄勾结起来，于1688年春，对喀尔喀蒙古发动了突然进攻。在清政府的帮助下，绰罗斯·噶尔丹暂时退兵。
1690年，绰罗斯·噶尔丹在沙俄的支持下，率二万多骑兵，向内蒙古大举进攻。
康熙帝为了维护国家的统一和巩固边疆，曾先后于1690年，1696年和1697年三次亲征，打败了叛军。最终，绰罗斯·噶尔丹走投无路，染病死去。
绰罗斯·噶尔丹叛乱被粉碎以后，喀尔喀蒙古各部又回到了原本的居住地。清政府设置将军和参赞大臣率兵驻守科布多和乌苏雅台等重镇，加强了对喀尔喀蒙古地区的管理和统治。
此后，清政府又先后平息了绰罗斯·噶尔丹的侄子阿拉布坦的叛乱，青海和硕特部罗卜藏丹津的叛乱和准部贵族阿睦尔撒纳在伊犁发动的叛乱。并改西宁卫为西宁府，设立青海办事大臣，分蒙古族为二十九旗，加强了对青海的管理；在新疆设立伊犁将军、参赞大臣、劣谟大臣、都统等，率兵分驻伊犁、塔城等地，巩固了对天山北路的统治。
平定准噶尔叛乱，突显了康熙卓越的军队才能，是其武功中最值得书写的一笔。
遏制沙皇俄国的扩张明末清初，沙俄在亚欧大陆上不断向东扩张，并于17世纪中期侵入了中国黑龙江地区。沙皇多次遣使来华，要求建立外交和通商关系，但因俄国侵占中国领土等问题而遭到清政府拒绝。此外，由于清初国内尚未安定，所以直到17世纪80年代中期，康熙才对黑龙江地区的俄国据点雅克萨采取了有力的军队行动。
俄国因内外问题一时无力在东方大规模用兵，遂希望议和，被康熙接受。1689年，中俄订立了尼布楚条约，这是中国和近现代欧美国家签订的第一个条约。根据条约，额尔古纳河、格尔必齐河和直达于海的外兴安岭为中俄边界，外兴安岭和乌第河之间土地的归属另行议定。这样，黑龙江和乌苏里江流域的广大地区被确认为中国的领土。此后，俄国多次派遣使节和商队来到北京，清政府还在北京建立了俄罗斯馆供俄人居住。