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锦衣卫原称仪鸾司，其职责是帮助君主管理仪仗。1382年，明政府撤销亲军都尉府与仪鸾司，设置“锦衣卫亲军都指挥使司”，锦衣卫制度正式产生。关于它的设置，《明实录》中曾记载:“洪武十五年四月，改仪鸾司为锦衣卫，秩从三品”。明朝初年，明太祖朱元璋实行卫所制，“自京师达于郡县，皆立卫所”，“系一郡者设所，连郡者设卫”。外边由都司统辖，内边由五军都督府管理。除此以外，他还设置“上十二卫”，他们是君主的私有军事，职责是保证君主的人身安全，直接听命于皇帝，而锦衣卫就是其中之一。
锦衣卫由“锦衣卫都指挥使”负责管理，由君主任命其信任的人担任。锦衣卫下设置十七所、南镇抚司和北镇抚司，以后两者最为主要，其中“南理本卫刑名及军匠，而北专治诏狱”。即南司负责管理刑名和军籍，北司职责是专管诏狱，因此北司权势要比南司大。1387年，明太祖朱元璋认为锦衣卫存在随意任用手中权力的弊端，将它暂时废除。明成祖即位后，为了使明政府国家机器高效运转，又重新设置。此后，锦衣卫一直存在，直到1661年南明永历帝时锦衣卫指挥使马吉翔与掌卫使任子信被杀才正式被废除。
明朝皇帝为何要设置锦衣卫?真相有二：
其一，为了加强中央集权和皇权
皇权与相权、中央与地方的矛盾是贯穿中国古时候社会的一对基本矛盾，在明朝时期这对矛盾表现得十分突出。从中央与地方来看，当时在北方，元朝“引弓之士不下百万众也，归附之不下数千里也，资装凯杖尚而耐用也，驮马牛羊尚全而有也”。不甘心失败的蒙古军队贵族不断伺机南下侵略，对明朝北部边疆构成严重威胁。在南方，贵族占有许多土地，中央政府控制的土地不断减少，这严重影响了政府的税收，使中央出现了财政危机。从君臣关系来看，一方面，宰相不断扩大权势，严重威胁皇权，特别是胡惟庸当政时，皇权与相权的矛盾达到了不可调和的地步;另一方面，许多功臣担任高级官职，他们居功自傲，为了自己的利益不择手段，对皇帝构成严重威胁。在这种情形下，明太祖朱元璋废除了宰相，权分六部，并规定以后不得再设丞相，同时也裁撤中书省，在地方上设承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司以加强皇权和中央集权。虽然废除丞相和中书省使大权完全掌握在皇帝手中，但是明太祖日理万机，精力有限，为了帮助其分担政务，处理案件，明太祖朱元璋于1382年建立了锦衣卫。
其二，明朝皇帝多疑性格的影响
明朝大多数皇帝性格多疑，特别是明太祖。他出身贫农，当其称帝时，南方的一些地主和平民由于他出身低微而对其拒不承认。同时他年少时目睹了地主阶级的残暴，由此对地主阶级产生一种厌恶之情。当王朝统治秩序稳定下来后，过度的猜忌和疑心使他认为功臣是他及其后代统治的最大威胁，为此他设立锦衣卫，严密监视功臣贵族，以各种借口诛杀他们，“胡蓝之狱”便是他诛杀功臣的有力证明，“独至明祖，藉诸功臣以取天下，及天下既定，即尽举取天下之人而尽杀之，其残忍实千古所未有。……懿文死，孙更羸弱，遂不得不身后考虑，是以两兴大狱，一网打尽”。
锦衣卫设立之初重要职责是保护君主的安全，因此其最原始的性质为军队机关。由于明初政府对锦衣卫军士的待遇极高，在他们之中出现了一些豪军悍徒，锦衣卫军士中的弊端越来严重，再加上一些功臣不断扩大自己的权势，严重威胁朱氏王朝的统治。同时地方上的反叛势力发动起义，这一切都使新兴的明王朝动荡不安。为了稳定统治秩序，加强中央集权，明太祖朱元璋又赋予锦衣卫侦查和缉捕之权，锦衣卫便具备了特务机构的性质。由于宰相制度的废除，明太祖朱元璋亲自处理各种事务，渐渐力不从心，一些官员趁机贪赃枉法，吏治腐败十分严重，明太祖朱元璋为了减轻其负担和惩治腐败，又让锦衣卫参与监察和司法审判，锦衣卫又进一步发展成为司法机关。虽然1387年明太祖朱元璋以锦衣卫权力太大为由将其暂时取消，但朱棣即位后又恢复锦衣卫的所有权力，此后其各种职能一直延续至南明。总而言之，锦衣卫是集军队、特务和司法多种性质于一体的军队化管理机构。
军队机构是锦衣卫最原始的性质。明初在兵制上实行卫所制，锦衣卫就是其中一种特殊的卫，它由皇帝直接统领，负责君主的安危。《明史》中曾记载“凡朝会、巡幸，则具卤薄仪仗，率大将军(共一千五百七员)等侍从扈行。宿卫则分番入直。朝曰、夕月、耕藉、视栖，则服飞鱼服，配绣春刀，侍左右”。这些都是接近皇帝身边的任务，而它们由锦衣卫负责执行，因此它成为一个主要的军队机构。
在明朝以前，就已存在具有特务性质的组织，如西汉时期的“绣衣直指”，三国时期的“校事”以及宋代的“皇城”等。锦衣卫与这些机构的性质类似，其职务重要是逮捕罪犯，并对他们进行谜团审讯。从其职能来看，它和特务的任务大同小异。此外，由于君主直接管辖锦衣卫，只要秉其旨意，它有权逮捕全国任何人，并且可以不用通过司法机关直接对犯人进行审判，由此便成为一个庞大的特务机关。
锦衣卫在皇帝的授权下，可以对任何人进行侦查和逮捕，被抓之人往往被送进锦衣狱，在锦衣狱中，锦衣卫官员会对犯人进行严格的审讯，甚至严刑逼供，凡是被审讯之人，十之八九会死于狱中。除了执行稽查、逮捕和审讯等任务之外，锦衣卫也执行法司会审任务，其过程是“锦衣卫使亦得与法司午门外鞠囚，及秋后承天门外会审，而大审不与也。每岁决囚后，图诸囚罪状于卫之外垣，令人外省”。从这些活动来看，锦衣卫虽然还不是国家设置的正式司法机构，但事实上已具备了司法机构的性质。