从1861年到1884年，奕訢任领班军机大臣与领班总理衙门大臣，期间虽在1865年遭慈禧太后猜忌被革除议政王头衔，但依旧身处权力中心。
恭亲王与辛酉政变
慈禧同他的小叔子恭亲王奕之间，关系暧昧。这当然是小说家的一种想象，一种虚构。考诸史实，他们之间纯粹是一种政治关系，一种利害关系。
回顾他们之间的关系史，大体可以划分为四个阶段：第一阶段，重用恭王奕。
他们之间的关系，完全以慈禧对奕的态度为转移。
两宫太后在奕集团的紧密配合下，一举击败了肃顺集团，取得了政变的决定性胜利，掌握了国家的最高统治权力。此后，当务之急，是稳定人心，控制大局。
控制大局的关键是尽快组成新的领导班子，以免造成权力真空。新的领导班子的组成，首先表现在对恭亲王奕的重用上。
恭亲王奕，配合之默契，堪称珠联璧合。
因之，对奕，在政变发作的第二天，即咸丰十一年(1861)十月初一日，两宫皇太后以同治帝的名义连发两道谕旨，一是授予恭王议政王兼军机大臣，一是补授其宗人府宗令。十月初二日又连发两道谕旨，一是补授总管内务府大臣，一是著管理宗人府银库。
两天之内，连发四谕。奕明正言顺地处分载垣、端华和肃顺的特权。总管内务府大臣是管理宫廷事务的最高长官，因接近皇帝，掌握实权。
插叙一下。清朝宗室的爵位，据《清史稿》载，分为十二等：和硕亲王，多罗郡王，多罗贝勒，固山贝子，奉恩镇国公，奉恩辅国公，不入八分镇国公，不入八分辅国公，镇国将军，辅国将军，奉国将军，奉恩将军。第一等爵位是亲王，第二等爵位是郡王，第三等爵位是贝勒，第四等爵位是贝子。吴振域《养吉斋丛录》说，清朝宗室爵位划分为十四等。应以十二等为是。
不仅如此，两宫太后秉政之初，对恭亲王奕也是非常倚重的。《慈禧外纪》说：
慈禧秉政之初，一切政事尚未熟习。且京中党派分歧，尤难操纵，外交之事，又不易办。恐己不易压伏，遂引恭王以为己助。恭王当国久，经历多，故倚之如左右手。
这是符合实际情况的。因此，除授予上述的要职外，两宫皇太后又加给了奕许多恩典。
十月初八日，赏赐奕坚辞，改赐亲王双俸，为此特颁上谕，加以表彰：
我母后皇太后、圣母皇太后再三申明，此系先帝恩旨，而该王辞谢倍力，声泪俱下。两宫皇太后未忍重拂其意，不得已姑从所请，将世袭亲王罔替之旨暂从缓议，俟朕亲政之年，再行办理。恭亲王奕著先赏食亲王双俸，以示优礼。
严肃的恭亲王奕。这里的“此系先帝恩旨”，显然不是事实。因为咸丰帝临死前对其弟奕是有猜忌心理的，不然不会将他排斥在顾命八大臣之外。但是现在这样说，就使政变显得更加合法化，不仅是两宫太后的意思，也是咸丰帝的本意了。
十月初十日，两宫太后懿旨，命大学士会同六部九卿，详议具奏奕的一个心病。
十月二十一日，大学士九卿会议，同上奕的尊重。
十二月初九日，两宫懿旨“恭亲王长女聪慧轶群”，晋封为固伦公主。“所有服色体制，均著照固伦公主之例”办理。清制中宫嫡女曰固伦公主，妃嫔所出称和硕公主。若中宫抚养宗室女遣嫁时，礼遇可比之和硕公主。因此，对非皇后的奕的信任。
同治元年正月初一日(1862年1月30日)，两宫懿旨赏恭亲王奕在紫禁城内坐四人轿，又恭亲王之子载澂赏戴三眼花翎。
这一切都说明了两宫太后，尤其是慈禧，对奕是十分重用的。《慈禧外纪》说：“以事实观之，既有两宫持政，可无须辅佐之人。慈禧深感恭王在热河助己，以其女为大公主，准用黄轿，故恭王颇有大权。”这话是不差的。
新的领导班子的组成，还表现在军机处的重组上。
军机处是清代的特殊政治机构，是直接禀承皇帝意旨承办一切重大政务的中枢。军机处实际上是皇帝内廷的办公厅或机要室，地位极其重要。军机大臣，俗称大军机，分设满、汉员。由各部尚书、侍郎、总督等奉旨应召入值，为兼差，其数无定额。由亲王或大学士为首领，称“揆首”、“领袖”。军机大臣称为“军机大臣上行走”。初入军机处者，有的因资历较浅，加“学习”二字，称“军机大臣上学习行走”。过一二年，再相机去掉“学习”二字。
政变成功，必然要组成为两宫太后服务的新的军机处。
咸丰十一年十月初一日(1861年11月3日)，两宫太后连发两道上谕。任命大学士桂良、户部尚书沈兆霖、户部右侍郎宝鋆，均著在军机大臣上行走。而在这次政变中功劳卓著的鸿胪寺少卿曹毓瑛，在军机大臣上学习行走。原为军机大臣的户部左侍郎文祥，著仍在军机大臣上行走。恭亲王奕为首席军机大臣。
这样，以恭亲王奕为首组成了新的六人军机处。
这一切，都反映了两宫皇太后，尤其是慈禧对恭亲王奕没有料到，时间一久，慈禧对他渐生疑忌。
恭亲王与圆明园
圆明园是著名的皇家园林，自雍正帝以后，园居渐成宫廷风尚，尤其咸丰帝更是常年在此，几乎以此为宫。无奈圆明园被英法侵略军焚毁时，正值太平天国和捻军等农民起义军风起云涌之际，清廷统治岌岌可危，当然顾不得重修这座废园。但几年之后，太平天国和捻军刚被镇压下去，便渐起修园之声，引起清廷内部的激烈争论。令人意想不到的是，一座花园的修与否，最终却引发了晚清政坛的一场轩然大波。
1861年秋，咸丰皇帝在热河病死后，慈禧与恭亲王奕訢联手发动“辛酉政变”，推翻顾命制度，确立太后垂帘亲王辅政体制。奕訢由于在政变中厥功至伟，被授为议政王，在军机处行走，权柄赫赫。由于奕訢总揽朝中大权，不久便与权势欲极强的慈禧产生矛盾，明争暗斗，终于势同水火。1865年春，经过精心筹划之后，慈禧突然下诏痛责奕訢，明令“恭亲王著毋庸在军机处议政，革去一切差使，不准干预公事”。此诏一出，却引起不少王公大巨、地方大员的强烈反对。无奈尚未掌握全权的慈禧只好退让，召见奕訢，当面训诫后就发谕旨决定奕訢“仍在军机大臣上行走”，但免去其“议政王”。经此羞辱打击，奕訢的权势与威望受到重创。
奕訢当然不愿就此罢休，一直寻机报复。1868年9月，深受慈禧宠信，一贯恣意妄为、不可一世的大太监安德海知道奢华成性的慈禧一直想修复圆明园，于是指使御使德泰奏请修复圆明园，讨好慈禧。由于修园需款甚巨，安德海同时又指使内务府库守贵祥拟出筹款章程，“请于京外各地方，按户、按亩、按村鳞次收捐”。此议一出，奕訢等人坚决反对，认为“侈端将启”，加饷派饷更会使“民怨沸腾”，“动摇邦本”，“丧心病狂，莫此为甚”。在奕訢的坚持下，德泰、贵祥二人受到革职和发落黑龙江披甲为奴的严厉处分。但安德海并未因此而稍有收敛，且于1869年秋违反祖制以为太后置办龙衣为名出京南下，为山东巡抚丁宝桢执杀。慈禧闻讯大惊，不过碍于祖制，又有慈安太后、同治帝、奕訢及一些王公大臣的联合施压，只得接受既成事实，但却气急败坏，大病一场。
慈禧病愈之后，内务府人员又以太后休养为名，重提修园之议。内务府人员长期力主修园一是为了讨好慈禧太后，更是为了从中得利。晚清政治腐败，贪污成风，国家的大型工程项目，更成为有关人员大捞一把的好机会，所以有关方面总是千方百计以各种名目争取兴办各种项目，以中饱私囊。内务府人员这次吸取了前番德泰、贵祥的教训，采取了长期游说、引诱性喜游乐的同治帝的办法，终使同治帝在1873年秋以颐养太后为名，发布重修圆明园的上谕，并要“王公以下京外大小官员量力报效捐修”。
内务府立即行动起来，赶忙雇佣民工，清理旧园，同时命令南方一些省份立即采办大件木材三千件，限期报送北京。慈禧当然更是忙碌起来，多次召见有关人员，甚至审议一些具体方案。对此，反对者依然不少，不过“帝师”李鸿藻苦谏毫无效果，御使游百川上疏恳请缓修反被革职。同治帝还严告群臣，有奏请缓修者一定严惩。奕訢开始还声言反对，后见如此阵势，深知此次难以阻止，便三缄其口，反而首先“报效”工银二万两，表示支持。
1874年3月7日，圆明园正式开工重修。不过，此时修园的时机的确非常不好。法国正加紧侵略越南，直接威胁到中国的西南边疆;日本开始发动侵略我国台湾的战争;新疆又爆发阿古柏叛乱，左宗棠率军西征日夜为难以保障的庞大军需发愁。此时重修圆明园，根本就拨不出款来。
正在内务府为修园经费一直无着发愁之时，一个名叫李光昭的“候补知府”声称愿为修园报效30万元的木材应急。他与内务府有关人员互相勾结，经内务府出面奏请后，他便打着“奉旨采办”名义南下办理此事，而且胆大妄为私刻了“奉旨采运圆明园木值李衔”的关防。他到香港向一位法国商人购买，签订了购买三船价值54250元的木材，先付定洋10元货到天津即付款的合同。李光昭回到北京后，却向内务府谎报自己购买了价值30万元的木材“报效”。货船到天津后，同治帝闻讯大喜，急令直隶总督、北洋大臣李鸿章免税放行，迅速运京。不想李光昭根本无力付款，便称木材尺寸与原议不合，拒绝提货付款。法商当然不干，由法国驻天津领事出面，照会天津海关和天津道李光昭私自废约有意欺诈，令其付款并赔偿法商损失。李鸿章本就不赞成此时修园，急忙将此情况奏报同治帝。同治帝大怒，责令将李光昭先行革职后交李鸿章严厉查办。由于李光昭私自以“圆明园李监督代大清皇帝”的身份与外商立约，此案险成外商与“大清皇帝”之间的诉讼，几乎要引发一场严重的外交纠纷。
强烈反对修园、但不敢公开反对的李鸿章，知道此案是阻止修园的难得机会，所以他在上朝廷的奏折中，对李光昭诈骗细节的介绍不厌其详，桩桩件件，不容怀疑，皇帝读后能不龙颜大怒?李光昭诈骗案的消息迅速传开，舆情大哗。恭亲王奕訢、醇亲王奕環与其他一些王公大臣联名上疏，痛陈修园之巨弊，恳请急停。一些御史也上折参奏内务府大臣与李光昭狼狈为奸、中饱私囊的种种违法事例。在这种情势下，同治帝不得不决定发旨停修，事情到此似已结束。
然而就在当天军机大臣拟就停修谕旨之时，内廷忽然发下一道同治帝朱谕，列举恭亲王种种罪状，革去一切差使，降为不入八分辅国公(清代宗室封爵共分和硕亲王、世子、多罗郡王等共十四等，“不入八分辅国公”为第十等，奕訢的爵位由第一等降为第十等)，交宗人府严议。9月10日又下一道朱谕，将对奕訢的处分改为革去亲王世袭罔替，降为郡王，仍在军机大臣上行走，其子革去贝勒郡王衔。同时，以“朋比谋为不轨”的罪名将醇王、文祥、李鸿藻等十名力主停修的王公大臣尽行革职。但就在第二天，即9月11日，慈禧突然在弘德殿慰谕奕訢，表示“十年以来，无恭王何以有今日，皇帝少未更事，昨谕著即撤消”。同时懿旨赏还奕訢及其子爵秩。这一“夺”一“还”，其实都是慈禧在幕后操纵，意在再次向朝廷内外表明奕訢等王公大臣都可被她玩弄于股掌之中，她已大权在握，她的权威不容轻觑，更不容侵犯。
至此，历时半年的“修园之争”虽以“停修”而结束，但由此引发的政坛风波却进一步加强了慈禧太后的权威，再次严重削弱了恭亲王奕訢的权势。是否重修圆明园本来是个工程问题，但在封建专制的政治体制中，这种“工程问题”往往会演变成为“政治问题”。这当然是“工程”的不幸，但利用“工程”达到政治目的，却是这种政治体制使然。