努尔哈赤死后，儿子皇太极在其他几位阿哥的拥戴下继汗位。皇太极不但能文善武，智勇超群，战功卓着，而且十分善于收揽人心。早年，他辅佐努尔哈赤攻打辽西，屡屡取得战功。即汗位后，他大胆进行改革，提出「治国之要，莫先安民」，采取了一些安民措施。比如他下令满人和汉人的「讼狱差徭，务使均一」。他在重用一些满族八？？旗将领的同时，还注意任用汉族士大夫，因此有「贤明」之称。
为了与明朝一争天下，他大胆对外用兵。1629年，他下令避开蓟辽总督袁崇焕把守的宁远，从喜峰口越长城，直逼北京城下。袁崇焕从山海关回兵驰援，败后金军于北京广渠门外。这时，崇祯帝中了皇太极的反间计，误杀了袁崇焕，使明朝失去了一个抗金名将。
1636年，皇太极在沈阳称帝，改元崇德，改国号为「大清」，改族名为「满洲」。
皇太极建立大清后，在政治制度上亦进行了一系列改革。他仿明朝建制，设置六部和内三院等机构。在军事编制上，除原有满洲八旗外又添置汉军八旗和蒙古八旗，合为二十四旗。此外，皇太极还彻底征服了蒙古各部和朝鲜，统一了东北各地，为以后满族入关打下雄厚的基础。
为了使满洲人避免重蹈前金灭国的覆辄，皇太极下诏令后世子孙千万不要「废骑射而效汉人」，并制定了官服和百姓常服。
此后，皇太极又多次挥兵入关。1638年，他命多尔衮等越过长城，扰河北，下济南，俘明德王朱由枢，攻下城池58座，掳获人口46万。1641年，明朝蓟辽总督洪承畴兵败松山，被俘投降。至此，除宁远孤城外，明山海关外的要地尽失。
当松山之役处在关键时刻之时，皇太极的宠妃海兰珠病逝，皇太极悲痛欲绝。海兰珠之死给皇太极在精神上以沉重的打击。自此，他身心崩溃，于1643年八月九日突然驾崩，终年五十二岁。死后被尊谥为「应天兴国弘德彰武宽温仁圣睿孝文皇帝」，庙号太宗。
《清史稿》对皇太极的评价是「太宗允文允武，内修政事，外勤讨伐，用兵如神，所向有功。虽大勋未集，而世祖即位期年，中外既归于统一，盖帝之诒谋远矣。」