水体沼泽化主要是在湖泊中进行的，流速缓慢或停滞的小河也可能沼泽化。由于湖盆特征不同和区域地理的差异，湖泊沼泽化过程也不完全一样。
缓岸湖泊沼泽化
沼泽化是从边缘开始的。首先在岸边浅水带生长挺水植物，因水深不同，挺水植物群落呈同心圆状有规律的分布，向湖心逐渐生长沉水植物。注入湖泊的水流所携带的泥沙淤积和死亡植物残体的堆积，使浅水带逐渐向湖心推移，沼泽植物也向湖心蔓延，最后整个湖泊长满了沼泽植物。例如中国小兴凯湖就是很好的例子，目前正处于沼泽化阶段。
陡崖湖泊沼泽化
沼泽化是从水面植物繁殖过程开始的。在背风侧的湖面生长着长根漂浮植物，它们根茎交织，常与湖岸连在一起，形成较厚的漂浮植物毡，俗称漂筏。随着植物不断繁殖、生长，浮毡逐渐扩大，厚度增加，浮毡下部的植物残体，在重力作用下脱落湖底，年积月累，使湖底变高。浮毡布满水面，但与湖底之间尚存在水层，随着时间推移，湖底泥炭堆积愈来愈厚，直至水层消失，两者相接，湖泊最后演化为沼泽。漂浮植物毡布满湖面需经历长期的演化过程。初期由于风浪作用，往往使浮毡碎裂，小块漂筏像绿色小舟，随风漂游散布在湖中;沼泽化后期，各漂浮植物毡逐渐扩大，彼此结合，最终布满整个湖面。
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